BIBLIOTHÈQUES DE PEPTIDES

Vous devez analyser des centaines de peptides ? Gagnez du temps : confiez-nous la synthèse de votre bibliothèque de peptides. Grâce à notre plateforme de synthèse peptidique de pointe, nous pouvons livrer un très grand nombre de peptides de haute qualité (avec modifications possibles) directement sur plaques, pour de nombreuses applications : protéomique, cartographie d’épitopes, immunothérapie anticancéreuse, développement d’anticorps thérapeutiques…

Conception et applications des bibliothèques de peptides

Les bibliothèques de peptides sont de grandes collections de séquences peptidiques utilisées pour déterminer les fragments critiques pour la fonction ou l’affinité. Elles sont utilisées dans de nombreuses applications : protéomique, développement de vaccins, cartographie d’épitopes, immunothérapie anti-cancer… Comparées à la phage display peptidique, les bibliothèques de peptides offrent la possibilité de cribler des peptides modifiés et des peptides contenant des acides aminés non naturels ou en D-forme.

Bibliothèques de peptides chevauchants

Les bibliothèques de peptides chevauchants sont couramment utilisées pour la cartographie linéaire d’épitopes. Cette technique vise à générer une bibliothèque de séquences peptidiques qui se chevauchent. Chaque bibliothèque est définie par deux paramètres : la longueur du peptide et le décalage (offset), c’est-à-dire que chaque peptide possède une même longueur mais une structure primaire différente selon le décalage. Le décalage de peptide définit le nombre de résidus d’acides aminés qui se chevauchent entre deux séquences adjacentes et détermine ainsi le degré de recouvrement.

Les paramètres sont généralement choisis en tenant compte de deux facteurs : le coût et la valeur de la donnée (et le risque de manquer l’épitope). Par exemple, pour la cartographie linéaire d’épitope :

• la longueur optimale est de 6 à 20 acides aminés (une interaction antigène/anticorps classique implique 6 à 12 résidus environ).
• le décalage est généralement égal à un tiers de la longueur du peptide.

Les bibliothèques chevauchantes peuvent être adaptées pour différentes applications : criblage d’interactions protéine-substrat, découverte d’épitopes de lymphocytes T, stimulation des lymphocytes T…

Paramètres à considérer : séquence, longueur, décalage (offset).

Bibliothèques d’alanine scanning

Les bibliothèques d’alanine scanning sont conçues pour évaluer la contribution d’un acide aminé spécifique à la fonction, à l’activité ou à la stabilité d’un peptide ou d’une protéine. La substitution d’un résidu-clé par une alanine entraîne généralement une baisse d’activité du peptide et souligne l’importance de ce résidu dans la structure globale. Techniquement, la bibliothèque est conçue en substituant séquentiellement chaque résidu non-alanine par une alanine. L’alanine est choisie car elle est chimiquement inerte et le plus petit acide aminé chiral existant. D’autres acides aminés sont disponibles sur demande.
Paramètres à considérer : séquence peptidique.

Bibliothèques de troncation

Les bibliothèques de peptides de troncation servent à déterminer la séquence minimale nécessaire à l’activité d’un épitope. La bibliothèque est constituée par suppression systématique d’acides aminés terminaux. L’incrément de troncation peut être adapté à vos besoins. Si les acides aminés essentiels sont déjà connus (par exemple, via une analyse alanine scanning), il est possible de fixer la direction de la troncation.
Paramètres à considérer : incrément de troncation, direction (N-ter, C-ter ou les deux si les acides aminés essentiels sont connus).

Bibliothèques de scanning positionnel

Les bibliothèques de scanning positionnel sont idéales pour optimiser une séquence peptidique. Les résidus d’acides aminés à des positions précises sont remplacés, un à un, par tous les autres acides aminés. Une mesure d’activité permet ensuite de définir quel résidu accroît l’activité du peptide. Ces bibliothèques sont aussi utiles pour améliorer les épitopes d’anticorps ou de lymphocytes T.

Paramètres à considérer : séquence peptidique, positions à varier.

Bibliothèques aléatoires

Une bibliothèque peptidique aléatoire consiste à générer aléatoirement des variations d’une séquence peptidique en modifiant les résidus d’acides aminés à des positions définies. Les bibliothèques aléatoires servent à optimiser ou à générer de nouvelles séquences actives de peptides.

Paramètres à considérer : séquence peptidique, positions à varier.

Bibliothèques de peptides scrambled

Une bibliothèque de peptides scrambled regroupe toutes les séquences alternatives possibles pour un peptide donné. Autrement dit, tous les résidus d’acide aminé de la séquence initiale sont réarrangés pour obtenir toutes les combinaisons possibles. Ce type de bibliothèque sert généralement à optimiser une séquence peptidique.

Paramètres à considérer : séquence peptidique.