Service de synthèse de banques de peptides

Besoin d’analyser des centaines de peptides ? Gagnez du temps avec notre service de synthèse de banques de peptides. Grâce à notre plateforme de pointe de synthèse peptidique, nous pouvons fournir un très grand nombre de peptides de haute qualité (modifications incluses), directement sur plaque, pour diverses applications : protéomique, cartographie d’épitopes, thérapie contre le cancer, développement d’anticorps thérapeutiques…

Conception et applications des banques de peptides

Les banques de peptides sont de vastes collections de séquences peptidiques, utilisées pour identifier des fragments critiques pour une fonction ou une liaison. Elles sont utilisées dans de nombreux domaines tels que la protéomique, le développement de vaccins, la cartographie d’épitopes ou la thérapie contre le cancer. Contrairement à la phage display peptidique, les banques de peptides offrent la possibilité d’analyser des peptides modifiés ainsi que des peptides contenant des acides aminés non naturels ou en forme D.

Banques de peptides recouvrants

Les banques de peptides recouvrants sont couramment utilisées pour la cartographie des épitopes linéaires. Cette technique vise à générer une banque de séquences peptidiques qui se chevauchent. Chaque banque est définie par deux paramètres : la longueur du peptide et le décalage (offset), ce qui signifie que chaque peptide de la banque aura une même longueur mais une séquence primaire différente selon le décalage choisi. Le décalage définit le nombre de résidus d’acides aminés recouvrant deux séquences adjacentes et correspond au degré de recouvrement.

Les deux paramètres sont généralement choisis en fonction de deux facteurs : le coût et la valeur des données (ainsi que le risque de manquer l’épitope). Par exemple, pour une cartographie linéaire d’épitope :

• La longueur optimale d’un peptide est estimée entre 6 et 20 acides aminés (sachant qu’une interaction classique peptide/anticorps implique en général entre 6 et 12 résidus).
• Le nombre de décalage (offset) correspond à un tiers de la longueur du peptide.

Les banques recouvrantes peuvent être utilisées et adaptées pour plusieurs applications comme le criblage d’interactions protéine-substrat, la découverte d’épitope de lymphocytes T (T-cells), la stimulation cellulaire…

Paramètres à prendre en compte : séquence du peptide, longueur, décalage.

Banques de substitutions d’alanine

Les banques de substitutions d’alanine sont spécifiquement conçues pour déterminer la contribution d’un acide aminé spécifique dans la fonction, l’activité ou la stabilité d’un peptide ou d’une protéine. La substitution d’un résidu clé par une alanine entraîne une diminution d’activité du peptide et démontre l’importance du résidu substitué dans la structure globale. Techniquement, la banque est conçue par substitution séquentielle d’alanine de chaque résidu non-alanine. L’alanine est choisie parce qu’elle est chimiquement inerte et qu’il s’agit du plus petit acide aminé chiral. D’autres acides aminés peuvent être utilisés à la demande.
Paramètre à considérer : séquence du peptide.

Banques de troncation

Les banques de peptides tronqués permettent de déterminer la séquence peptidique la plus courte nécessaire pour observer une activité d’épitope. La banque est construite par élimination progressive des acides aminés terminaux. L’étape de troncation peut être adaptée à vos besoins. De plus, si les acides aminés essentiels sont connus (ex : après substitution d’alanine), il est possible de fixer la direction de la troncation.
Paramètres à considérer : incrément de troncation, direction (N-ter, C-ter ou les deux si les acides aminés essentiels sont connus).

Banques à balayage positionnel

Les banques à balayage positionnel sont très utiles pour l’optimisation de séquences peptidiques. Les acides aminés à des positions définies sont remplacés un à un par tous les autres types d’acides aminés. Après mesure de l’activité, il devient possible d’identifier quel résidu renforce l’activité peptidique. Les banques à balayage positionnel sont aussi utiles pour améliorer les épitopes de lymphocytes T ou d’anticorps.

Paramètres à considérer : séquence du peptide, positions à varier.

Banques aléatoires

Une banque de peptides aléatoires consiste à générer aléatoirement des variations de la séquence peptidique en faisant varier au hasard les acides aminés d’une portion définie de la séquence globale. Elles sont utilisées pour optimiser une séquence peptidique ou générer de nouveaux peptides actifs.

Paramètres à considérer : séquence du peptide, positions à varier.

Banques de peptides désorganisées

Une banque de peptides désorganisées est composée de toutes les séquences alternatives d’un peptide donné. Autrement dit, tous les acides aminés initiaux sont réarrangés afin de composer toutes les combinaisons possibles. Ce type de banque est habituellement utilisé pour optimiser une séquence de peptide.

Paramètre à considérer : séquence du peptide.