Question 1

Ottimizzazione gratuita dei codoni

Accepted Answer

ProteoGenix ha sviluppato un algoritmo unico di ottimizzazione dei codoni basato su dati sperimentali.
Molti amminoacidi sono codificati da multipli codoni, detti codoni sinonimi. Tuttavia, specifici codoni sono usati preferenzialmente durante la traduzione genica: questo fenomeno si chiama bias d&#8217;uso dei codoni ed è specie-specifico. Grazie alla ridondanza del codice genetico, i codoni rari possono essere sostituiti da codoni più presenti nei geni dell&#8217;organismo ospite, senza modificare la sequenza della proteina. Lo strumento di Ottimizzazione dei codoni di ProteoGenix applica una strategia basata sul bias dei codoni e considera parametri come il contenuto di GC, sequenze ripetute, evitamento di siti di restrizione e la struttura secondaria dell’mRNA.
Le applicazioni dell’ottimizzazione dei codoni includono:

Facilità di sintesi del DNA: lo strumento gratuito di ProteoGenix migliora significativamente l’efficienza nella progettazione di geni sintetici personalizzati, tenendo conto sia del bias naturale sia della complessità di sintesi.
Produzione di proteine ricombinanti in diversi sistemi di espressione: l’ottimizzazione dei codoni è essenziale per produrre proteine ricombinanti, agevolando il subclonaggio genico e migliorando l’espressione e la resa. L’espressione eterologa di proteine ricombinanti è cruciale in biotecnologia e biomedicina.
Terapia genica: la terapia genica che sfrutta l’ottimizzazione dei codoni viene impiegata per trattare condizioni come la distrofia muscolare di Duchenne (Athanasopoulos, T et al, 2011) e l&#8217;Epatite C (Frelin L et al, 2004).
Immunizzazione genetica: si può ottenere una risposta immune iniettando direttamente il gene dell’antigene nell’animale. Il DNA vaccino è un ottimo strumento quando una proteina è difficile da esprimere o purificare. L’immunizzazione genetica tramite DNA vaccine richiede l’alta espressione del gene di interesse. È stato dimostrato che i geni wild-type generano una risposta immune più bassa rispetto a quelli ottimizzati (Stratford et al., 2000; Uchijima et al., 1998). In più, gli adiuvanti migliorano la risposta immunitaria nei vaccini proteici ricombinanti, ma non nei DNA vaccine, causando bassa efficacia nei grandi animali. L’ingegnerizzazione degli CpG islands nei DNA vaccine ne ha aumentato l’immunogenicità (Krieg et al., 1998). Sintesi e assemblaggio personalizzati del DNA possono quindi aggiungere valore enorme.

Question 2

Subclonaggio genico in uno dei nostri vettori o direttamente nel tuo

Accepted Answer

Subclonaggio genico in uno dei nostri vettori o direttamente nel tuo

Question 3

Mutagenesi sito-specifica da qualsiasi template fornito

Accepted Answer

Mutagenesi sito-specifica da qualsiasi template fornito

Question 4

Librerie di varianti geniche con modifiche specifiche in una o più posizioni

Accepted Answer

ProteoGenix può fornire librerie di varianti geniche con cambi in una o più posizioni per ottimizzare l&#8217;espressione proteica. Questo è utile nello screening ad alto rendimento e nell&#8217;ingegnerizzazione proteica (sostituzione/mutazione di aa in posizioni selezionate).

Question 5

Preparazione plasmidica endotoxin free

Accepted Answer

Come produttore leader nella sintesi genica, ProteoGenix offre anche servizi di amplificazione di plasmidi endotoxin free. Dopo ottimizzazione e clonaggio del gene, serve infatti amplificare il costrutto in modo da ottenere plasmide privo di endotossine per gli esperimenti.

Question 6

V 2015

Accepted Answer

Bicc1 Polymerization Regulates the Localization and Silencing of Bound mRNA Benjamin Rothé,a Lucia Leal-Esteban,a Florian Bernet,a Séverine Urfer,a Nicholas Doerr,b Thomas Weimbs,b Justyna Iwaszkiewicz,c and Daniel B. Constama
Fine Mapping and Characterization of the L-Polymerase-Binding Domain of the Respiratory Syncytial Virus Phosphoprotein Julien Sourimant,a,c Marie-Anne Rameix-Welti,a,c,d Anne-Laure Gaillard,a Didier Chevret,b Marie Galloux,a Elyanne Gault,c,d and Jean-François Eléouëta

Question 7

V 2014

Accepted Answer

Matthias Canault,1,2,3 Dorsaf Ghalloussi,1,2,3 Charlotte Grosdidier,1,2,3 Marie Guinier,4 Claire Perret,5,6,7 Nadjim Chelghoum,4 Marine Germain,5,6,7 Hana Raslova,8 Franck Peiretti,1,2,3 Pierre E. Morange,1,2,3 Noemie Saut,1,2,3 Xavier Pillois,9,10 Alan T. Nurden,10 François Cambien,5,6,7 Anne Pierres,3,11,12 Timo K. van den Berg,13 Taco W. Kuijpers,13 Marie-Christine Alessi,1,2,3 and David-Alexandre Tregouet5,6,7. Interaction of a Partially Disordered Antisigma Factor with Its Partner, the Signaling Domain of the TonB-Dependent Transporter HasR.
Idir Malki,1,2,3 Catherine Simenel,1,2 Halina Wojtowicz,1,2 Gisele Cardoso de Amorim,1,2 Ada Prochnicka-Chalufour,1,2 Sylviane Hoos,4 Bertrand Raynal,4 Patrick England,4 Alain Chaffotte,1,2 Muriel Delepierre,1,2 Philippe Delepelaire,5 and Nadia Izadi-Pruneyre1,2. Kinetics of nif Gene Expression in a Nitrogen-Fixing Bacterium.
César Poza-Carrión, Emilio Jiménez-Vicente, Mónica Navarro-Rodríguez, Carlos Echavarri-Erasun, and Luis M. Rubio. Bacterial cytoplasm as an effective cell compartment for producing functional VHH-based affinity reagents and Camelidae IgG-like recombinant antibodies
Selma Djender, Aurelie Schneider, Anne Beugnet, Ronan Crepin, Klervi Even Desrumeaux, Chiara Romani, Sandrine Moutel, Franck Perez, and Ario de Marco

Question 8

V 2013

Accepted Answer

Davita Pillay,1,* Julien Izotte,1 Regassa Fikru,2,3,4 Philipe Büscher,3 Hermogenes Mucache,5 Luis Neves,5 Alain Boulangé,5,7 Momar Talla Seck,6 Jérémy Bouyer,6,7,8Grant B. Napier,9 Cyrille Chevtzoff,10 Virginie Coustou,1 and Théo Baltz1. α-Catenin and Vinculin Cooperate to Promote High E-cadherin-based Adhesion Strength.
William A. Thomas,a,b Cécile Boscher,c,d,1 Yeh-Shiu Chu,e,2 Damien Cuvelier,f Clara Martinez-Rico,b Rima Seddiki,c,d,g Julie Heysch,b Benoit Ladoux,g,h Jean Paul Thiery,e,h,i,j,3 René-Marc Mege,c,d,3 and Sylvie Dufourb,3,4

Question 9

V 2011

Accepted Answer

Recognition of Multivalent Histone States Associated with Heterochromatin by UHRF1 Protein
Nataliya Nady, Alexander Lemak,,1 John R. Walker,,1 George V. Avvakumov,,1 Michael S. Kareta,,1 Mayada Achour, Sheng Xue, Shili Duan, Abdellah Allali-Hassani, Xiaobing Zuo, Yun-Xing Wang, Christian Bronner, Frédéric Chédin, Cheryl H. Arrowsmith,,2 and Sirano Dhe-Paganon

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